股权转让价值低于投资价值，即股权转让出现损失时，计算缴纳的税主要涉及个人所得税和企业所得税。个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税，若转让价值低于投资价值，无应纳税所得额则无需缴纳个税；企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现，转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得，若低于投资价值有损失，可在企业所得税税前扣除。

首先来看个人所得税方面。根据相关规定，个人转让股权需按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税，适用税率为20%。应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额 = 股权转让收入-股权原值-合理费用。当股权转让价值低于投资价值时，意味着股权转让收入减去股权原值和合理费用后，结果可能为负数或者零。若为负数，说明没有应纳税所得额，这种情况下个人无需缴纳个人所得税。例如，张三最初投资100万元取得某公司股权，后来以80万元转让该股权，转让过程中发生合理费用5万元。那么应纳税所得额 = 80-100-5 = -25万元，由于应纳税所得额为负数，张三无需缴纳个人所得税。

再看企业所得税方面。企业转让股权收入，应在转让协议生效且完成股权变更手续时，确认收入的实现。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。企业转让股权的成本为取得该股权所发生的支出。当股权转让价值低于投资价值，形成股权转让损失时，企业可以在企业所得税税前扣除该损失。不过，企业需要留存相关资料以备税务机关核查，如股权转让合同、协议，股权原值凭证等。例如，甲企业投资500万元取得乙企业股权，后以450万元转让该股权，那么甲企业的股权转让损失为50万元，这50万元可以在计算企业所得税应纳税所得额时扣除，从而减少企业应缴纳的企业所得税。

无论是个人还是企业，在进行股权转让时，都需要按照规定及时向税务机关申报相关信息。如果是个人转让股权，扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内，将股权转让的有关情况报告主管税务机关。企业则要按照企业所得税的申报要求，在规定的时间内进行申报。同时，税务机关可能会对股权转让的价格进行合理性审查，若发现价格明显偏低且无正当理由的，有权按照规定进行调整。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第七十一条

有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。

公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。