免于刑事处罚和不起诉在性质、适用阶段、适用对象、法律依据等方面存在区别。不起诉是在审查起诉阶段，检察院作出的不将案件移送法院审判的决定；免于刑事处罚是法院审理后作出的认定有罪但免予刑罚的判决。

两者性质不同。不起诉意味着行为人在法律上不被认定为犯罪，或者虽然构成犯罪但基于特定原因不追究刑事责任，本质上是一种程序上的处理决定，体现的是公诉机关在审查起诉阶段对案件的处理方式。而免于刑事处罚是在法院认定行为人构成犯罪的基础上，由于犯罪情节轻微等原因，决定对其不适用刑罚，这是一种实体上的处理结果，表明行为人已经被判定有罪。

适用阶段不同。不起诉发生在刑事诉讼的审查起诉阶段，由检察院根据侦查机关移送的案件材料进行审查后作出。当检察院认为案件不符合起诉条件或者存在可以不起诉的情形时，就会作出不起诉决定。而免于刑事处罚是在法院审判阶段，经过法庭审理，认定被告人有罪后，根据具体案情作出的判决结果。

适用对象不同。不起诉适用于犯罪嫌疑人，即在侦查和审查起诉阶段被怀疑实施了犯罪行为的人。而免于刑事处罚适用于被告人，也就是被检察机关提起公诉，被法院指控犯罪并正在接受审判的人。

法律依据不同。不起诉的法律依据主要是《刑事诉讼法》规定的法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉等情形。例如，情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的等。而免于刑事处罚的法律依据主要是《刑法》中规定的一些情形，如犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚；对于自首、立功等情节，也可能根据具体情况免予刑事处罚。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第三十七条

对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分。

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百七十七条

犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。