小产权房和三产房在土地性质、合法性、产权情况、建设目的、交易风险等方面存在明显区别。

土地性质方面，小产权房的土地一般为集体建设用地、宅基地等集体土地。比如在一些农村集体土地上违规建设用于对外出售的房屋就属于小产权房。而三产房的土地是政府为了解决被征地农民的就业和生活问题，给村集体安排的集体第三产业发展用地。合法性方面，小产权房建设大多未经过合法的审批程序，违反了土地管理法规和城乡规划。例如很多小产权房没有取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等合法证件。三产房在符合相关规划和建设审批程序的情况下是合法的，它是政府对被征地农民的一种安置补偿方式，但部分三产房可能存在违规建设的情况。产权情况方面，小产权房没有国家颁发的合法产权证书，购房者只有房屋的使用权，没有所有权，不能进行合法的产权登记。三产房同样没有完整的产权，一般只有使用权，不能办理独立的不动产权证书，不过它是基于村集体的产业发展项目。建设目的方面，小产权房主要是开发商为了获取利润，利用集体土地进行房地产开发并出售给非本集体成员。三产房的建设目的是为了发展农村集体经济，安置被征地农民，提供就业和生活保障，比如建设商业综合体、市场等。交易风险方面，小产权房由于不合法，交易不受法律保护，可能面临被拆除、无法获得拆迁补偿等风险。三产房交易也存在一定风险，如可能因违规建设被查处，而且其交易往往也受到一定限制，转让难度较大。

法律依据：

《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十一条

以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方人民政府房产管理部门申请登记，由县级以上地方人民政府房产管理部门核实并颁发房屋所有权证书。房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。