外国人危害中国国家安全会根据其行为性质、情节严重程度等，依据中国法律进行处理，可能采取限期出境、驱逐出境、刑事处罚等措施。

中国有一系列法律保障国家安全，对于危害国家安全的行为，不论行为人是中国人还是外国人，都会依法处理。

根据《中华人民共和国出境入境管理法》，如果外国人从事危害中国国家安全和利益等违法犯罪活动，情节较轻尚不构成犯罪的，县级以上地方人民政府公安机关或者出入境边防检查机关可以处限期出境。而被驱逐出境的外国人，自被驱逐出境之日起十年内不准入境。

若外国人的行为构成犯罪，将依据《中华人民共和国刑法》进行定罪量刑。例如，若其实施了间谍行为，触犯间谍罪，根据《刑法》规定，犯间谍罪的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑；情节较轻的，处三年以上十年以下有期徒刑。又如，为境外的机构、组织、人员窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密或者情报的，构成境外窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密、情报罪，处五年以上十年以下有期徒刑；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑；情节较轻的，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。

在司法程序上，外国人犯罪的刑事案件，由犯罪地的中级人民法院管辖。在处理过程中，会保障其合法的诉讼权利，如获得辩护等。同时，对于享有外交特权和豁免权的外国人犯罪应当追究刑事责任的，通过外交途径解决。这一系列法律规定和处理方式，体现了中国维护国家安全的坚定决心和法治原则，确保国家主权、安全和发展利益不受侵害。

法律依据：

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第十七条

对于外国人犯罪应当追究刑事责任的，适用本法的规定。

对于享有外交特权和豁免权的外国人犯罪应当追究刑事责任的，通过外交途径解决。

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第十八条

根据中华人民共和国缔结或者参加的国际条约，或者按照互惠原则，我国司法机关和外国司法机关可以相互请求刑事司法协助。