员工借款不还，可先内部沟通协商解决，若协商不成，可收集证据通过法律途径追讨，具体方法依借款性质是普通民间借贷还是职务借款有所不同。

要区分借款的性质。如果是普通的民间借贷，即员工以个人名义向公司借款用于个人事务，这种情况适用一般的民间借贷法律规定；如果是因工作需要的职务借款，比如为了出差、采购等预支的款项，通常有公司内部的财务管理制度来规范。

在发现员工借款不还后，第一步可以进行内部沟通协商。以平和友好的方式提醒员工借款的事实和还款期限，了解员工不还款的原因。可能员工只是暂时遇到资金困难或者遗忘了还款。可以通过邮件、书面通知或者面对面沟通等方式，保留好沟通记录，明确告知款项的金额、借款时间和要求还款的期限。

如果内部协商没有效果，对于普通民间借贷性质的借款，公司可以收集相关证据，如借条、转账记录、聊天记录等，向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。在诉讼过程中，要注意诉讼时效的问题。根据法律规定，一般的诉讼时效为三年，从约定的还款期限届满之日起计算。如果没有约定还款期限，公司可以随时要求员工还款，但要给员工合理的准备时间，诉讼时效从公司第一次要求还款之日起计算。

对于职务借款，公司可以依据内部的财务管理制度进行处理。如果制度中有关于逾期不还的处理措施，如扣除工资等，可以按照制度执行，但要注意扣除工资的比例要符合法律规定，一般每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果通过这些内部处理方式仍无法解决，也可以考虑通过法律途径，向法院起诉要求员工返还借款。

总之，处理员工借款不还的问题，要遵循合法合规的原则，根据具体情况选择合适的解决方式。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》 第二百二十一条

债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：

（一）债权人与债务人没有其他债务纠纷的；

（二）支付令能够送达债务人的。

申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。