改变车身颜色不一定会扣车，若按规定流程申请变更登记后改变颜色则不扣车；若未按规定擅自改变，可能会面临扣车等处罚。

根据相关法律法规和管理规定，正常情况下，只要车主按照正确的程序办理变更登记，改变车身颜色是被允许的，不会出现扣车的情况。《机动车登记规定》明确表示，已注册登记的机动车改变车身颜色的，机动车所有人应当在变更后十日内向登记地车辆管理所申请变更登记。如果严格遵循这个要求，先办理变更手续再进行车身颜色的更改，就属于合法行为。

然而，如果车主没有按规定去申请变更登记，擅自改变车身颜色，就可能面临一系列后果。《道路交通安全法》规定，任何单位或个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。擅自改变车身颜色属于违反这一规定的行为。交警在执法过程中，若发现车辆存在擅自改变车身颜色且未登记的情况，根据具体情节和当地执法标准，可能会依法对车辆进行暂扣。另外，还会要求车主恢复车辆原状，并在完成变更登记手续后才予以放行。同时，还会给予相应的罚款等处罚。

所以，为避免不必要的麻烦和损失，可以在更改车身颜色后尽快到当地车管所办理变更登记。这样既能让车辆外观符合个人喜好，又能确保车辆上路行驶的合法性。

法律依据：

《道路交通安全法》 第十六条

任何单位或者个人不得有下列行为：

（一）拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征；

（二）改变机动车型号、发动机号、车架号或者车辆识别代号；

（三）伪造、变造或者使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志；

（四）使用其他机动车的登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志。

第九十条

机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。