农村自建房房产证掉了可按申请、审核、公告、补发的流程补办。要前往相关部门提出申请，提交必要材料，经审核、公告无异议后补发新证。

首先了解补办所需的材料。一般来说，需要提供登记申请书，这是启动补办流程的基本文件，用于向相关部门表明补办房产证的意愿。申请人身份证明，用以证实申请人的身份信息，保证申请的有效性。宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明，这是证明房屋合法性及申请人土地使用权益的重要材料。还有申请登记房屋符合城乡规划的证明，这对于确认房屋建设符合规划要求至关重要。房屋测绘报告或者村民住房平面图，能准确反映房屋的实际情况。其他必要材料则需根据当地具体规定来准备。

接着进入具体的补办流程。第一步是申请，申请人要携带上述准备好的材料，前往当地的不动产登记机构提出房产证补办申请。登记机构会对提交的材料进行初步查验。

第二步是审核，不动产登记机构会对申请材料进行详细审核，核实材料的真实性、完整性以及房屋的相关信息是否与档案记录一致等。如果在审核过程中发现材料不齐全或者存在问题，登记机构会通知申请人补充或者修改。

第三步是公告，审核通过后，不动产登记机构会发布公告。公告的目的是为了让社会公众知晓该房屋房产证补办事宜，看是否存在产权争议等情况。公告期通常有一定的时间规定，一般为一段时间，如15个工作日等，具体时长依当地规定而定。

第四步是补发，在公告期内无异议或者异议不成立的情况下，不动产登记机构会为申请人补发新的农村自建房房产证。新证上会标注“补发”字样。整个补办过程中要积极配合登记机构的工作，确保能顺利拿到新的房产证。

法律依据：

《不动产登记暂行条例》 第二十七条

权利人、利害关系人可以依法查询、复制不动产登记资料，不动产登记机构应当提供。有关国家机关可以依照法律、行政法规的规定查询、复制与调查处理事项有关的不动产登记资料。

《城市房地产管理法》 第六十条

国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。