不动产证办证逾期违约金的计算方式通常依据合同约定执行；若合同未作约定，则按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。

在商品房买卖中，涉及不动产证办证逾期违约金的计算问题时，首先应查看购房合同中的相关条款。因为合同是双方当事人意思自治的体现，具有优先适用的效力。许多购房合同会明确约定，如开发商未在规定时间内协助购房者办理不动产证，需按照一定的比例向购房者支付违约金。这个比例可能是按照购房者已付购房款的一定百分比，按日或者按月计算。例如，合同约定按已付购房款的每日万分之一支付违约金，若购房者已付购房款为 100 万元，逾期 30 天，那么违约金就是 1000000×0.0001×30 = 3000 元。

然而，现实中也存在购房合同未对逾期办证违约金作出约定的情况。根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》，这种情况下按照已付购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算。中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息会随着市场情况和政策调整而变动。一般来说，逾期贷款利息是在贷款利率的基础上上浮一定比例，通常为 30%-50%。

此外，如果违约金约定过低，不足以弥补购房者的实际损失，购房者可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；反之，如果违约金约定过高，开发商也可以请求适当减少。法院或仲裁机构在调整时，会以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量。总之，不动产证办证逾期违约金的计算需要综合考虑合同约定、法律规定以及实际情况等多方面因素。

法律依据：

《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》 第十二条

当事人以约定的违约金过高为由请求减少的，应当以违约金超过造成的损失30％为标准适当减少；当事人以约定的违约金低于造成的损失为由请求增加的，应当以违约造成的损失确定违约金数额。

《中华人民共和国民法典》 第五百八十五条

当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。