承包方不配合结算时，可通过协商沟通、收集证据、发函催告、第三方调解、仲裁或诉讼等方式处理。

当承包方不配合结算，首先可以尝试与承包方进行友好的协商沟通。因为很多时候不配合结算可能是存在误解或者一些小问题没有解决。通过面对面的交流，明确双方对于结算的分歧点在哪里，尝试达成一致意见。例如，可能承包方认为某些工作的费用计算不合理，发包方可以耐心解释计算依据和标准，争取消除分歧。

在协商的同时，发包方要注重收集相关证据。这包括合同文件，合同中一般会明确约定工程的范围、价款、结算方式等重要内容；施工过程中的各种签证单，它记录了工程变更、额外工作量等情况；以及工程验收报告等。这些证据对于后续可能采取的措施至关重要。

如果协商无果，可以向承包方发函催告。函件中要清晰地说明结算的时间要求、依据的合同条款以及不配合结算的后果等内容。发函时要注意保留好发函的凭证，如快递单号、签收记录等，以证明已经履行了催告义务。

第三方调解也是一种可行的办法。可以寻求行业协会、建设行政主管部门等第三方机构的帮助。这些机构通常具有一定的权威性和专业性，能够站在中立的角度进行调解，促使双方达成结算协议。

若上述方法都无法解决问题，发包方可以考虑通过仲裁或诉讼的途径来解决。如果合同中约定了仲裁条款，那么就按照仲裁程序进行。仲裁具有专业性、高效性等特点。如果没有约定仲裁条款，则可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，之前收集的证据将发挥重要作用，法院或仲裁机构会根据双方提供的证据和相关法律规定，作出公正的裁决。通过法律手段，发包方可以维护自己的合法权益，要求承包方配合结算并支付相应的款项。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第五百零九条

当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚信原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。当事人在履行合同过程中，应当避免浪费资源、污染环境和破坏生态。

《中华人民共和国民法典》 第五百七十七条

当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。