两个女儿离婚时的分配一般先由夫妻双方协商决定，若协商不成，法院会根据子女的权益和双方的具体情况判决。通常会遵循有利于子女身心健康、保障子女合法权益的原则，可能会一方抚养一个女儿，也可能两个女儿都由一方抚养。

在处理离婚时两个女儿的抚养权分配问题，首先倡导夫妻双方进行友好协商。因为夫妻双方对自身家庭情况和女儿的成长环境更为了解，通过协商达成一致意见，能最大程度减少对女儿的影响。例如，夫妻双方可以根据各自的工作、生活状况，考虑女儿的意愿等因素，决定是一方抚养一个女儿，还是一方抚养两个女儿。

若双方无法协商一致，则由法院进行判决。法院在判决时会综合多方面因素。对于不满两周岁的女儿，以由母亲直接抚养为原则，这是因为这个阶段的孩子对母亲的依赖度较高，母亲的照顾更有利于孩子的成长。但如果母亲存在一些不利于抚养孩子的情形，如患有严重疾病、有虐待孩子等行为，父亲请求直接抚养的，法院也可能会将抚养权判给父亲。

对于已满两周岁的女儿，父母均要求直接抚养，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：已做绝育手术或者因其他原因丧失生育能力；子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利；无其他子女，而另一方有其他子女；子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活。

当女儿已满八周岁时，应当尊重其真实意愿。因为这个年龄段的孩子已经有了一定的认知和判断能力，她们能够表达自己更愿意和哪一方共同生活。法院会认真听取女儿的意见，并将其作为抚养权分配的重要参考因素。总之，无论是协商还是法院判决，目的都是为了保障女儿能够在一个稳定、健康的环境中成长。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。