总公司和分公司在法律地位、责任承担、设立程序、经营自主权等方面存在明显区别。总公司具有独立法人资格，分公司不具有独立法人资格。

法律地位不同。总公司是具有独立法人资格的企业，拥有完整的权利能力和行为能力，能够以自己的名义独立从事民事活动，独立承担民事责任。而分公司是总公司的分支机构，不具有独立法人资格，它只是总公司在某一区域的延伸，不能独立承担民事责任。

责任承担不同。总公司以其全部资产对公司的债务承担责任。当总公司出现债务问题时，债权人可以直接要求总公司偿还债务。分公司由于不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。也就是说，当分公司的财产不足以清偿债务时，债权人可以要求总公司偿还剩余债务。

设立程序不同。总公司的设立需要按照公司法规定的一般程序进行，包括制定公司章程、确定公司名称、注册资本、组织机构等，并且要经过工商行政管理部门的登记注册，领取企业法人营业执照。分公司的设立程序相对简单，只需在总公司作出设立分公司的决定后，向分公司所在地的工商行政管理部门申请登记，领取营业执照即可。

经营自主权不同。总公司作为独立的法人，拥有全面的经营自主权，可以自主决定公司的经营战略、投资决策、人事任免等重大事项。分公司的经营活动通常受到总公司的严格控制，其经营决策、资金调配等方面的自主权相对较小，一般需要遵循总公司的统一安排和管理。

财务核算不同。总公司实行独立的财务核算，需要编制完整的财务报表，包括资产负债表、利润表、现金流量表等，以反映公司的财务状况和经营成果。分公司可以独立核算，也可以非独立核算。独立核算的分公司虽然也会编制财务报表，但最终要并入总公司的财务报表；非独立核算的分公司则不单独进行财务核算，其收支统一由总公司进行核算。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》 第十四条

公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。

公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。

第三条

公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。

有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。