医疗事故罪的立案流程主要包括报案、受理、初查、立案决定等环节。首先由相关人员向公安机关报案，公安机关对报案进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的，经过初查后作出立案决定，进入刑事诉讼流程。

医疗事故罪是指医务人员由于严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。其立案流程如下：

报案：任何单位和个人发现医疗事故可能涉嫌犯罪的，都可以向公安机关报案。报案的主体可以是患者及其家属、医院内部人员、其他知情者等。报案方式可以是书面报案，也可以是口头报案。书面报案应详细说明事件的时间、地点、经过、涉及人员等信息；口头报案的，公安机关应当制作笔录，并由报案人签名或盖章。

受理：公安机关对于报案应当立即接受，并进行登记。对报案材料进行初步审查，判断是否属于本机关管辖。如果属于医疗事故罪的管辖范围，会依法受理；如果不属于，会及时移送有管辖权的机关处理，并通知报案人。

初查：受理案件后，公安机关会进行初步调查。这一阶段主要是收集相关证据，了解事件的基本情况。可能会向医院调取病历、诊断记录、手术报告等资料，询问相关医务人员、患者及其家属等。通过初查，判断是否存在犯罪事实以及是否需要追究刑事责任。

立案决定：经过初查，如果公安机关认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，经县级以上公安机关负责人批准，予以立案。如果认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案，并制作不予立案通知书，在三日以内送达控告人。

立案后，案件将进入刑事诉讼的侦查、审查起诉、审判等阶段，以追究犯罪嫌疑人的刑事责任，维护患者的合法权益和医疗秩序。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第三百三十五条

医务人员由于严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的，处三年以下有期徒刑或者拘役。