婚内出轨和小三有了孩子，涉及婚姻关系、子女抚养、财产分割等多方面问题。在婚姻关系上，无过错方可以选择协议离婚或诉讼离婚；在子女抚养方面，出轨方对非婚生子女有抚养义务；财产分割时，无过错方可以要求适当多分。

从婚姻关系的处理来看。如果出轨方与配偶双方都同意离婚，且能就子女抚养、财产分割等问题达成一致意见，那么可以签订离婚协议，然后共同到婚姻登记机关申请离婚登记，经过冷静期后，即可领取离婚证，完成协议离婚的程序。

若配偶一方不同意离婚，或者双方无法就相关问题达成一致，无过错方可以向法院提起离婚诉讼。根据《民法典》规定，有重婚或者与他人同居等情形，调解无效的，应当准予离婚。婚内出轨并与小三育有孩子，可能被认定为与他人同居的情形，法院在审理时会综合各种因素进行判断。

关于非婚生子女的抚养问题。非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何人不得加以危害和歧视。出轨方作为非婚生子女的生父，有抚养教育该子女的义务。不直接抚养非婚生子女的生父，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费，直至子女能独立生活为止。抚养费的数额、支付方式等可由双方协商确定，协商不成的，可由法院判决。

最后，在财产分割方面。根据法律规定，离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。因为出轨方存在过错行为，无过错方可以要求适当多分财产。此外，如果无过错方因对方的出轨行为遭受了精神损害，还可以要求出轨方给予精神损害赔偿。总之，面对婚内出轨和小三有了孩子的复杂情况，需要依据法律规定，妥善处理好各个方面的问题。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。