公安查房查到不是夫妻且未登记入住的情况，通常会根据具体情形处理。若双方是自愿的正常交往关系，一般不会进行处罚，只是对其进行批评教育并要求遵守旅馆登记规定；若涉及卖淫嫖娼、聚众淫乱等违法犯罪行为，则会依法进行相应处罚。

在实际执法中，公安机关查房是其履行治安管理职责的一种方式。对于在旅馆等场所查到不是夫妻且未登记入住的情况，会根据不同情况作出不同处理。

如果双方是情侣等正常交往关系，只是未按照旅馆的住宿登记规定进行登记，这种情况下，公安机关主要会对旅馆进行管理。依据《旅馆业治安管理办法》第六条规定，旅馆接待旅客住宿必须登记。登记时，应当查验旅客的身份证件，按规定的项目如实登记。所以，旅馆可能会面临相应的行政处罚，而对于旅客，公安机关通常会进行批评教育，告知其要遵守旅馆的登记规定，以保障住宿场所的安全和管理秩序。

然而，如果公安机关在调查过程中发现双方的行为涉及违法犯罪，比如存在卖淫嫖娼行为，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第六十六条规定，卖淫、嫖娼的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处五千元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。若是涉及聚众淫乱等其他违法犯罪行为，也会依据《中华人民共和国刑法》等相关法律进行定罪量刑。

此外，公安机关在执法过程中必须严格依法进行，保障公民的合法权益。如果公民认为公安机关的执法行为存在不当之处，也有权通过合法途径维护自己的权益。总之，在住宿时，无论是夫妻还是其他关系的人员，都应当遵守旅馆的登记规定，避免不必要的麻烦。

法律依据：

《治安管理处罚法》 第六十六条

卖淫、嫖娼的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处五千元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。

在公共场所拉客招嫖的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。

第二十一条

违反治安管理行为人有下列情形之一，依照本法应当给予行政拘留处罚的，不执行行政拘留处罚：

（一）已满十四周岁不满十六周岁的；

（二）已满十六周岁不满十八周岁，初次违反治安管理的；

（三）七十周岁以上的；

（四）怀孕或者哺乳自己不满一周岁婴儿的。