小区流浪狗主要由城管部门、公安部门、动物卫生监督机构等管理，不同情况各部门职责有所不同。

城管部门在管理小区流浪狗方面发挥着重要作用。根据《城市市容和环境卫生管理条例》以及各地相关的城市管理规定，城管有权对影响城市市容和公共秩序的流浪动物进行处理。小区属于城市公共环境的一部分，流浪狗的存在可能会对小区的卫生环境造成影响，如随地大小便等。城管部门可以对流浪狗进行捕捉和收容，以维护小区及周边环境的整洁和有序。

公安部门主要负责处理流浪狗伤人等治安问题。当流浪狗出现攻击居民、威胁人身安全的情况时，居民可以报警，公安部门会及时出警进行处置。依据《中华人民共和国治安管理处罚法》等相关法律法规，如果流浪狗的行为导致他人受到伤害，公安部门会依法进行调查和处理，保障居民的生命安全和人身权益。

动物卫生监督机构侧重于流浪狗的疫病防控工作。根据《中华人民共和国动物防疫法》，动物卫生监督机构有责任对动物疫病进行监测、预防和控制。流浪狗可能携带各种病菌和病毒，如狂犬病等，对居民的健康构成潜在威胁。动物卫生监督机构会对捕捉到的流浪狗进行疫病检测和处理，防止疫病的传播和扩散。

此外，社区居委会和物业也在小区流浪狗管理中承担一定的职责。社区居委会可以组织居民开展宣传教育活动，提高居民对流浪狗问题的认识和防范意识；物业则可以加强小区的巡逻和管理，及时发现流浪狗并通知相关部门进行处理。

法律依据：

《物业管理条例》 第四十六条

物业服务企业应当协助做好物业管理区域内的安全防范工作。发生安全事故时，物业服务企业在采取应急措施的同时，应当及时向有关行政管理部门报告，协助做好救助工作。物业服务企业雇请保安人员的，应当遵守国家有关规定。保安人员在维护物业管理区域内的公共秩序时，应当履行职责，不得侵害公民的合法权益。

第五十五条

物业存在安全隐患，危及公共利益及他人合法权益时，责任人应当及时维修养护，有关业主应当给予配合。责任人不履行维修养护义务的，经业主大会同意，可以由物业服务企业维修养护，费用由责任人承担。