自然人独资企业（个人独资企业）纳税涉及增值税、个人所得税（经营所得）及附加税等，税率因税种及纳税人类型不同存在差异。增值税小规模纳税人通常适用1%征收率（2023-2027年阶段性优惠），一般纳税人按行业适用6%、9%或13%税率；个人所得税经营所得适用5%-35%超额累进税率；附加税可享受小规模纳税人减半征收优惠。

自然人独资企业是指由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体，其纳税与公司制企业存在显著差异，核心税种及税率如下：

一、增值税：区分小规模纳税人和一般纳税人

1. 小规模纳税人：年销售额500万元及以下的个人独资企业，通常适用简易计税方法。2023年至2027年，根据《财政部 税务总局关于增值税小规模纳税人减免增值税政策的公告》（2023年第19号），增值税小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收率征收增值税；月销售额10万元以下（季度30万元）的，免征增值税（免税政策不区分征收率，涵盖1%和3%）。

2. 一般纳税人：年销售额超过500万元或主动申请认定的，按行业适用税率：销售货物或提供加工、修理修配劳务13%；交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务9%；现代服务（如研发和技术服务、信息技术服务）、生活服务等6%。应纳税额=销项税额-进项税额。

二、个人所得税（经营所得）：5%-35%超额累进税率

个人独资企业不缴纳企业所得税，而是由投资人就企业经营所得缴纳个人所得税，适用《个人所得税法》中的“经营所得”税目，税率为5%-35%的超额累进税率，具体如下：

• 全年应纳税所得额≤3万元：税率5%，速算扣除数0；
• 3万元＜全年应纳税所得额≤9万元：税率10%，速算扣除数1500；
• 9万元＜全年应纳税所得额≤30万元：税率20%，速算扣除数10500；
• 30万元＜全年应纳税所得额≤50万元：税率25%，速算扣除数25500；
• 全年应纳税所得额＞50万元：税率35%，速算扣除数65500。

应纳税所得额=收入总额-成本、费用、税金、损失等（查账征收）。若无法准确核算成本费用，税务机关可核定征收，按应税所得率计算：应纳税所得额=收入总额×应税所得率（或成本费用支出额÷（1-应税所得率）×应税所得率），应税所得率根据行业核定（如工业、交通运输业5%-20%，娱乐业20%-40%）。

三、附加税费：基于增值税税额计算，可享受减免

附加税费包括城市维护建设税（7%、5%、1%，根据纳税人所在地确定）、教育费附加（3%）、地方教育附加（2%），计税依据为实际缴纳的增值税（及消费税）税额。2023年至2027年，对增值税小规模纳税人，可在50%的税额幅度内减征附加税费（即城建税最高3.5%，教育费附加1.5%，地方教育附加1%）。

注意事项：自然人独资企业需与“一人有限公司”区分，一人有限公司属于企业法人，需缴纳企业所得税（25%，小型微利企业可享受2.5%或5%优惠税率）及股东分红的个人所得税（20%），而个人独资企业仅需缴纳个人所得税经营所得。实际纳税时，需根据企业规模、征收方式及所在行业适用具体政策，建议结合实际经营情况咨询主管税务机关。

法律依据：

《中华人民共和国企业所得税法》 第五条

企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。

第七条

收入总额中的下列收入为不征税收入：

（一）财政拨款；

（二）依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；

（三）国务院规定的其他不征税收入。