债权人失踪三年，债务人可通过确认失踪状态、申请宣告失踪以向财产代管人履行债务、通过提存制度消灭债务、保留相关证据等方式处理，同时需注意诉讼时效及法律程序的规范性。

当债权人失踪三年时，债务人需基于法律规定采取合理措施履行债务或消灭债务关系，避免后期因债权人出现引发纠纷。以下是具体处理方式：

第一步：确认债权人失踪的法律状态。根据《中华人民共和国民法典》第四十条，自然人下落不明满二年，利害关系人即可向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。债权人失踪三年已超过法定二年期限，债务人作为利害关系人（存在债权债务关系），可通过公安机关、社区居委会或村委会开具的下落不明证明，确认债权人的失踪状态，为后续法律程序提供依据。需注意，“下落不明”需满足“持续没有音讯”的条件，若债权人曾通过电话、网络等方式联系过债务人，则不构成法律意义上的失踪。

第二步：通过宣告失踪程序向财产代管人履行债务。若债务人希望主动履行债务，可向人民法院申请宣告债权人为失踪人。法院受理后会依法公告，公告期满无人异议的，将判决宣告失踪，并指定财产代管人（通常为债权人的配偶、成年子女、父母等近亲属，或法院指定的其他人）。根据《民法典》第四十二条，财产代管人需履行管理失踪人财产、清偿失踪人债务的职责。债务人可凭法院宣告失踪判决书及债务凭证，向财产代管人履行债务，如偿还借款、支付货款等，履行后需要求代管人出具收款凭证，明确债务结清。

第三步：通过提存制度消灭债务关系。若债务人无法联系债权人且不愿申请宣告失踪，可依据《民法典》第五百七十条“提存制度”处理。该条款明确，债权人下落不明时，债务人难以履行债务的，可以将标的物提存。提存需向法定提存机关（通常为公证处）申请，提交债务人身份证明、债务合同（如借条、买卖合同）、债权人失踪证明等材料，提存机关审核通过后，债务人将债务标的物（如款项、货物）交付提存机关，债务即视为履行完毕，风险和费用由债权人承担。提存后，债务人需保留提存通知书（提存机关会向债权人最后居住地寄送，无法送达则公告）及提存凭证，作为债务消灭的证据。

第四步：保留完整证据链避免后续纠纷。无论选择宣告失踪还是提存，债务人需全程保留证据，包括：债权人失踪的证明材料（公安机关或社区证明）、法院宣告失踪的判决书（若申请）、提存申请书及凭证（若提存）、与债权人的沟通记录（如短信、邮件、通话记录等，证明曾尝试联系）。这些证据可在债权人后期出现主张权利时，证明债务人已尽到履行义务或通过合法程序消灭债务，避免因举证不能承担二次还款责任。

第五步：注意诉讼时效的特殊性。需明确，债权人失踪不导致诉讼时效中断或中止，但债务人主动履行债务或提存后，债务关系即告消灭，不受诉讼时效限制。若债务人未采取任何措施，后期债权人出现并主张权利，且未超过诉讼时效（一般为三年，自债权人知道或应当知道权利受损之日起算），债务人仍需履行债务。因此，主动通过法律程序处理是更稳妥的选择。

综上，债权人失踪三年的处理需结合法律程序与实际需求，通过宣告失踪向代管人履行或提存消灭债务，同时注重证据保留，以保障自身合法权益。涉及具体操作时，建议咨询专业法律人士，确保程序符合《民法典》及《提存公证规则》等规定，避免因程序瑕疵引发争议。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第四十二条

失踪人的财产由其配偶、成年子女、父母或者其他愿意担任财产代管人的人代管。

代管有争议，没有前款规定的人，或者前款规定的人无代管能力的，由人民法院指定的人代管。

《中华人民共和国民法典》 第四十三条

财产代管人应当妥善管理失踪人的财产，维护其财产权益。

失踪人所欠税款、债务和应付的其他费用，由财产代管人从失踪人的财产中支付。

财产代管人因故意或者重大过失造成失踪人财产损失的，应当承担赔偿责任。