收银员侵占款项需根据金额、情节采取不同措施，包括内部核查、协商退款、报警追究法律责任等，同时需固定证据并完善内控机制。

当发现收银员存在款项侵占行为时，首要步骤是立即启动内部核查程序。需全面梳理收银记录、监控录像、交接班台账等资料，核实异常交易的时间、金额及操作轨迹。若涉及现金差异，应对比收银系统数据与实际营收，排查是否存在漏扫、错扫或人为删除记录等情况。对于电子支付渠道，需调取第三方支付平台流水，确认资金流向是否与系统记录一致。

核查阶段需注重证据固定的合法性。监控录像应完整保存原始文件，避免剪辑；收银系统日志需由技术部门导出并加盖公章；与涉事人员的沟通应全程录音（提前告知对方），并要求其签署书面说明。若涉及金额较大或存在团伙作案嫌疑，建议同步联系律师介入，指导证据收集方向，确保后续处理符合《民事诉讼法》《刑事诉讼法》对证据的要求。

根据核查结果，可分情形处理：

1. 金额较小且首次违规：若侵占金额在500元以下，且员工主动承认错误并退还款项，可依据公司规章制度给予警告、记过等处分，同时将处理结果记入员工档案。需注意，处分决定需书面通知员工并由其签字确认，避免因程序瑕疵引发劳动争议。

2. 金额较大或多次违规：当侵占金额超过2000元（部分地区为3000元），或存在多次侵占、伪造凭证等情节时，已涉嫌违法。此时应要求员工全额退还侵占款项，并依据《劳动合同法》第39条解除劳动关系，无需支付经济补偿。若员工拒绝退款，可通过向法院提起民事诉讼，主张返还财产并赔偿利息损失。

3. 涉嫌刑事犯罪的情形：若侵占金额达到刑事立案标准（通常为6万元以上，具体以当地司法解释为准），或存在窃取、骗取等行为，需立即向公安机关报案。公安机关受理后，企业应配合提供证据材料，协助侦查。根据《刑法》第271条，职务侵占罪可处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑。若收银员利用收银机漏洞秘密窃取款项，可能构成盗窃罪，量刑标准更低（通常1000元即可立案）。

处理过程中需区分民事追偿与刑事报案的衔接。若员工已退还部分款项，可在刑事诉讼中提起附带民事诉讼，追讨剩余损失；若未退还，刑事判决生效后可申请法院强制执行。同时，企业需在员工离职前结清工资，不得直接以工资抵扣侵占款项（需经员工书面同意或法院判决）。

为预防类似事件，企业应完善内控机制：安装具备实时上传功能的收银系统，设置双人复核制度；定期对收银数据进行交叉审计，抽查监控录像；加强员工职业道德培训，明确违规后果。对于高频出现问题的岗位，可引入第三方审计机构进行专项检查，从源头降低风险。

法律依据：

《中华人民共和国治安管理处罚法》 第四十九条

盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索或者故意损毁公私财物的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款。

《中华人民共和国刑法》 第二百六十四条

盗窃公私财物，数额较大的，或者多次盗窃、入户盗窃、携带凶器盗窃、扒窃的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。