一人有限公司本身作为法人企业，不直接缴纳个人所得税，而是缴纳企业所得税；其股东因从公司取得工资薪金、股息红利等所得，需依法缴纳个人所得税，具体分为“工资薪金所得”和“利息、股息、红利所得”两种情形，分别适用不同税率和计税方式。

一人有限公司的法律性质决定其所得税缴纳主体。根据《公司法》规定，一人有限公司是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限责任公司，具有独立法人资格，股东以出资额为限承担有限责任。因此，公司层面需就其生产经营所得缴纳企业所得税（一般税率为25%，符合条件的小型微利企业可享受优惠税率），而个人所得税的缴纳主体是股东个人，而非公司本身。

股东取得工资薪金所得的个人所得税处理。若一人有限公司的自然人股东同时在公司任职，担任董事、监事或其他管理职务，公司向其支付的工资薪金属于“工资薪金所得”范畴。根据《个人所得税法》，公司应作为扣缴义务人，按月预扣预缴个税，适用3%-45%的超额累进税率。具体计算时，以每月收入额减除费用5000元以及专项扣除（如社保、公积金）、专项附加扣除（如子女教育、房贷利息等）后的余额为应纳税所得额，按税率表计算应纳税额。例如，股东月工资15000元，减除费用5000元、社保公积金2000元、专项附加扣除3000元后，应纳税所得额为5000元，适用10%税率，速算扣除数210元，当月应缴个税290元。

股东取得股息红利所得的个人所得税处理。一人有限公司盈利后，在缴纳企业所得税（税后利润）的基础上，若向股东分配利润，股东取得的分红属于“利息、股息、红利所得”。根据《个人所得税法》，该所得适用20%的比例税率，由公司在支付时代扣代缴个税。需注意，这里的“税后利润”是指公司当年实现的利润，在弥补以前年度亏损、提取法定公积金后，剩余利润可向股东分配；若公司将利润留存未分配，则股东无需缴纳该部分个税，待实际分配时再履行纳税义务。例如，公司税后利润100万元，全部分配给股东，股东需缴纳个税100万×20%=20万元，由公司代扣后，股东实际取得80万元。

其他特殊情形的个税处理。除上述两种主要情形外，股东从公司取得的其他所得也可能涉及个税：一是股东向公司借款，在纳税年度终了后既不归还，又未用于公司生产经营的，根据财税〔2003〕158号文件，该借款可能被视为公司对股东的红利分配，需按“利息、股息、红利所得”缴纳20%个税；二是股东转让一人有限公司股权，若转让价格高于股权原值及合理费用，差额部分属于“财产转让所得”，按20%税率缴纳个税，计算公式为（转让收入-股权原值-合理费用）×20%。

综上，一人有限公司个人所得税的缴纳核心在于区分“公司所得”与“股东个人所得”，公司层面缴纳企业所得税，股东因任职、分红等取得的所得需按对应税目缴纳个税，且公司需依法履行代扣代缴义务，避免因税务处理不当引发风险。

法律依据：

《中华人民共和国个人所得税法》 第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。

居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。