离婚时两个孩子的抚养权判决需以最有利于未成年子女为核心原则，结合子女年龄、父母抚养能力、子女意愿及生活现状等因素综合判定。实践中，双方协商一致的按协议处理；协商不成的，法院可能判决一人抚养一个子女，但存在特殊情况时（如一方无力抚养、存在不利于子女成长情形等），也可能由一方抚养两个子女。

根据《中华人民共和国民法典》第1084条规定，“离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。”这一法律条款为两个孩子抚养权的判决提供了根本依据，法院需围绕“子女利益最大化”展开综合考量。

首先，子女年龄是重要考量因素。对于未满两周岁的子女，法律明确倾向由母亲抚养，这是基于婴幼儿对母亲照料的依赖需求；已满两周岁的子女，法院会对比父母双方的抚养条件，包括经济能力（如稳定收入、住房条件）、陪伴时间（是否有足够时间照顾子女生活及学习）、教育背景（能否提供良好教育资源）等；若子女已满八周岁，其意愿将成为判决的重要参考，法院会单独询问子女意见，尊重其选择倾向。

其次，两个孩子的抚养权判决并非必然“一人一个”。实践中，“一人一个子女”是常见结果，但需满足双方抚养条件相当、子女分开生活不影响其成长等前提。若存在以下情形，法院可能突破这一模式：一是一方存在明显不利于子女成长的情形，如患有严重疾病、有赌博、吸毒等恶习屡教不改，或曾实施家庭暴力、虐待子女，法院会优先将子女判给另一方；二是一方已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力，且子女长期随其生活，改变生活环境可能对子女健康成长明显不利的，法院可能倾向由该方抚养两个子女；三是子女长期随一方生活，与该方感情深厚，而另一方抚养条件较差（如无固定住所、收入不稳定），法院为维持子女生活稳定性，可能判决由该方继续抚养两个子女。

此外，父母的抚养意愿也会影响判决。若一方主动放弃抚养权，或双方协商由一方抚养两个子女并承担相应抚养费，且不违反法律规定和子女利益的，法院会尊重双方协议。但需注意，抚养费的承担需符合子女实际需求，即使协议由一方抚养，另一方仍需根据经济能力支付合理抚养费，具体数额可由双方协商或法院根据子女实际需要、父母负担能力及当地生活水平判定。

最后，法院还会考虑子女的性别、健康状况等细节。例如，若两个子女为同性且年龄相近，分开抚养可能影响其情感联系，法院可能倾向由一方抚养；若子女患有特殊疾病需长期照料，法院会优先考虑具备相应照料能力的一方。总之，无论判决结果如何，子女的健康成长、情感需求及生活稳定性始终是法院裁判的核心考量因素，父母双方也应从子女利益出发，理性协商或配合法院调查，为子女创造良好的成长环境。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。