医疗事故责任认定主要由卫生行政部门和医学会办理，其中卫生行政部门负责行政层面的责任认定与处理，医学会负责提供技术层面的医疗事故技术鉴定。

医疗事故责任认定的办理部门及流程需依据《医疗事故处理条例》等法律法规确定，核心涉及行政处理与技术鉴定两个层面，具体如下：

首先，卫生行政部门是医疗事故责任认定的行政主管部门。根据《医疗事故处理条例》第三十六条规定，卫生行政部门负责对医疗事故争议进行调查处理，其职责包括监督医疗机构的医疗行为、受理医疗事故争议申请、组织调查并依据调查结果或医学会鉴定结论作出责任认定。行政处理流程通常包括：当事人向医疗机构所在地的县级卫生行政部门提出书面申请，提交相关材料（如病历资料、身份证明等）；卫生行政部门在收到申请后10日内进行审查，对符合条件的予以受理；随后组织调查，核实医疗行为是否违反诊疗规范、是否存在过错及过错与损害后果的因果关系，必要时会委托医学会进行技术鉴定，最终根据调查结果或鉴定结论作出责任认定决定，并书面通知当事人。

其次，医学会是医疗事故技术鉴定的法定机构。《医疗事故处理条例》第二十条明确，医患双方协商解决医疗事故争议时，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方共同委托医学会组织鉴定；卫生行政部门处理医疗事故争议时，需要进行技术鉴定的，应当书面移交医学会组织鉴定；诉讼中人民法院委托的医疗事故技术鉴定，同样由医学会负责。技术鉴定程序包括：当事人提交鉴定申请及相关材料（如病历复印件、医患双方陈述等）；医学会自受理之日起5日内通知双方提交材料，材料齐全后45日内组织鉴定；由医学会从专家库中随机抽取相关专业的专家组成鉴定组（至少3人以上单数），专家组成员与当事人有利害关系的需回避；鉴定组通过听取双方陈述、查阅病历、分析讨论后，出具《医疗事故技术鉴定书》，明确是否属于医疗事故、事故等级及责任程度（完全责任、主要责任、次要责任、轻微责任）。

卫生行政部门的责任认定与医学会的技术鉴定存在密切联系：行政处理过程中，若涉及医疗技术层面的专业性问题（如诊疗行为是否存在过错、过错与损害的因果关系等），卫生行政部门需委托医学会进行技术鉴定，鉴定结论是行政认定的重要依据；而医学会的技术鉴定本身不直接作出责任认定，仅为责任划分提供技术支持，最终的行政责任认定由卫生行政部门作出。

当事人可根据实际情况选择办理途径：若医患双方希望通过行政途径解决争议，可直接向卫生行政部门申请处理；若协商不成或需明确技术层面的责任，可共同委托医学会进行鉴定；若通过诉讼解决，人民法院可依当事人申请或依职权委托医学会进行鉴定。需注意，医疗事故争议处理的一年时效（自知道或应当知道损害结果之日起计算），超过时效可能影响申请受理；申请时需提交完整的病历资料、身份证明、医疗费用清单等材料，材料不全可能导致申请被驳回；对卫生行政部门的认定结果或医学会的鉴定结论不服的，可在收到书面通知之日起15日内向上一级卫生行政部门申请复议，或通过诉讼途径寻求救济。

法律依据：

《医疗事故处理条例》 第二十条

卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。