加盟店违法辞退员工时，总部需先明确与加盟店的法律关系及自身责任边界，通过内部调查核实事实，依据特许经营合同约束加盟店整改，协助化解劳动纠纷以维护品牌声誉，并完善后续用工管理机制，从源头降低合规风险。

首先，需明确总部与加盟店的法律责任边界。根据《商业特许经营管理条例》及司法实践，加盟店通常具备独立法人资格，其与员工建立的劳动关系受《劳动合同法》调整，用工责任由加盟店自行承担。总部作为特许人，一般仅对加盟店的经营模式、品牌使用等进行指导，原则上不直接对加盟店的违法辞退行为承担劳动法上的连带责任。但需注意，若总部存在滥用控制权（如直接干预加盟店用工决策），可能被认定为“事实用人单位”，需承担连带赔偿责任，因此需先排查自身是否存在此类情形。

其次，启动内部调查程序核实违法辞退事实。总部应立即要求加盟店提交员工劳动合同、工资发放记录、辞退通知书、员工书面异议等材料，重点核查辞退理由是否符合《劳动合同法》第39条（过失性辞退）或第40条（非过失性辞退）的法定情形。若加盟店无法提供合法辞退证据（如员工严重违反规章制度的书面记录、培训或调岗依据等），则可初步认定构成违法辞退，需依据《劳动合同法》第87条支付赔偿金（按经济补偿标准的二倍计算）。

再者，依据特许经营合同的约定采取约束措施。特许经营合同是总部处理加盟店违规行为的核心依据，若合同中明确约定加盟店需“遵守劳动法律法规、保障员工合法权益”，总部可依据合同要求加盟店限期整改（如撤销辞退决定、与员工协商赔偿），并可按约定扣除履约保证金、暂停品牌授权，情节严重（如引发负面舆情、群体性事件）时，可依据合同条款终止特许经营关系，以降低品牌合规风险。

同时，协助化解劳动纠纷以维护品牌声誉。尽管总部无直接用工责任，但加盟店的违法辞退行为可能对品牌形象造成负面影响，尤其在员工通过社交媒体、投诉平台曝光时。此时总部可主动介入协调，建议加盟店通过支付赔偿金、恢复劳动关系等方式与员工达成和解，并指导加盟店通过劳动仲裁或诉讼程序解决争议，避免矛盾升级。若加盟店拒不配合，总部可公开声明与该加盟店的法律关系，明确责任主体，减少对品牌的牵连。

最后，完善后续用工管理机制以预防类似问题。总部需强化对加盟店的合规培训与定期检查：一方面，编制《加盟店用工合规指引》，明确劳动合同签订、辞退流程、经济补偿等关键环节的操作规范，并定期组织店长、HR培训；另一方面，建立用工合规巡查制度，每季度抽查加盟店的劳动合同档案、考勤记录，对发现的潜在风险（如未缴纳社保、规章制度不合法）提前预警，从源头降低违法辞退发生率。此外，可引入第三方律所提供用工法律咨询，为加盟店提供实时合规支持。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》 第四十八条

用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。