怀孕期间离婚时，抚养权的归属需结合法律规定与子女出生后的实际情况确定。根据《中华人民共和国民法典》相关条款，怀孕期间男方一般不得提出离婚，女方提出或法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外；子女出生后，不满两周岁的子女原则上由母亲直接抚养，但若母亲存在不适合抚养的法定情形，父亲可依法请求变更抚养权。

首先需明确，怀孕期间离婚的请求权受到法律限制。根据《中华人民共和国民法典》第1082条规定，女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。这一规定旨在保护女方和胎儿的合法权益，避免男方在特殊时期提出离婚对女方身心造成伤害。实践中，“确有必要受理男方离婚请求”的情形极少，通常仅包括女方存在严重危害男方生命安全等极端情况。

其次，抚养权的归属以子女出生为前提。由于胎儿在法律上尚不具备民事权利能力，怀孕期间离婚时，双方无法直接就“胎儿抚养权”达成协议或由法院判决。抚养权问题需待子女出生后，根据《中华人民共和国民法典》第1084条关于子女抚养的规定处理，即“离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。”

针对新生儿的抚养权，母亲优先抚养是基本原则。这一原则的立法考量主要基于新生儿的生理需求——胎儿出生后通常需要母乳喂养，且对母亲的依赖度极高，母亲直接抚养更有利于保障婴儿的健康成长。同时，法律通过优先保护母亲的抚养权，间接维护了女性在生育后的合法权益。

不过，母亲优先抚养并非绝对。若母亲存在法定不适合抚养子女的情形，父亲可依法请求法院判决由其直接抚养。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第44条，母亲有下列情形之一，父亲请求直接抚养的，人民法院应予支持：（一）患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，子女不宜与其共同生活；（二）有抚养条件不尽抚养义务，而父亲要求子女随其生活；（三）因其他原因，子女确不宜随母亲生活。例如，母亲若存在虐待、遗弃子女的行为，或因精神疾病无法履行抚养义务，法院可判决抚养权归父亲。

此外，协议离婚中双方可协商抚养权归属，但协议内容不得损害子女的合法权益。即使双方在离婚协议中约定抚养权归父亲，法院仍会审查该约定是否符合子女利益最大化原则。若协议明显不利于新生儿成长（如父亲无固定收入、存在不良嗜好等），法院可不予认可，仍会按照“母亲优先”原则判决。

最后需注意，抚养权归属不影响父亲的抚养义务。无论子女由哪一方直接抚养，另一方均需承担抚养费。根据《中华人民共和国民法典》第1085条，离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。抚养费的数额一般根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平确定，直至子女年满十八周岁或具备独立生活能力为止。

综上，怀孕期间离婚的抚养权问题需以法律对离婚请求权的限制为前提，以子女出生后的实际情况为基础，优先保障未成年人的健康成长。母亲基于生理与法律规定享有优先抚养权，但需以具备抚养能力为前提，父亲在法定例外情形下亦可通过诉讼争取抚养权。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。