电瓶车主责机动车次责的赔偿，先由机动车交强险在责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由商业三者险按机动车承担的次要责任比例进行赔偿；仍有不足的，由机动车一方按次要责任比例承担赔偿责任。一般次要责任承担比例为 20% - 40%。

在处理电瓶车主责机动车次责的赔偿问题时，需要依据相关法律法规和具体情况进行计算。根据《中华人民共和国道路交通安全法》规定，机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在机动车第三者责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。也就是说，交强险会在其规定的责任限额内先行赔付。交强险有责任限额划分，其中死亡伤残赔偿限额为 18 万元，医疗费用赔偿限额为 1.8 万元，财产损失赔偿限额为 2000 元。

当交强险赔偿后仍有不足的部分，如果机动车购买了商业第三者责任保险，那么将由商业三者险按照机动车所承担的次要责任比例来进行赔偿。对于次要责任的具体承担比例，在司法实践中通常认定为 20% - 40%，不过具体比例会根据事故的实际情况来确定。例如，如果事故中电瓶车一方存在明显的违规行为，而机动车一方只是存在轻微过错，那么机动车可能承担 20%的赔偿责任；若双方的过错程度差距不是特别大，机动车可能承担 30%或 40%的赔偿责任。

如果机动车没有购买商业三者险，或者商业三者险赔偿后还有不足的部分，那么就由机动车一方按照次要责任比例来承担赔偿责任。赔偿的项目通常包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费等。如果造成残疾的，还需要赔偿残疾赔偿金、残疾辅助器具费等；造成死亡的，还应当赔偿丧葬费和死亡赔偿金。

在整个赔偿过程中，双方可以先进行协商。如果协商不成，电瓶车一方或者机动车一方都可以向人民法院提起诉讼，由法院根据事故的证据和相关法律规定来判定具体的赔偿金额和责任比例。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第五百六十二条

当事人协商一致，可以解除合同。当事人可以约定一方解除合同的事由。解除合同的事由发生时，解除权人可以解除合同。

《中华人民共和国民法典》 第五百六十三条

有下列情形之一的，当事人可以解除合同：

（一）因不可抗力致使不能实现合同目的；

（二）在履行期限届满前，当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行主要债务；

（三）当事人一方迟延履行主要债务，经催告后在合理期限内仍未履行；

（四）当事人一方迟延履行债务或者有其他违约行为致使不能实现合同目的；

（五）法律规定的其他情形。

以持续履行的债务为内容的不定期合同，当事人可以随时解除合同，但是应当在合理期限之前通知对方。