女方怀孕申请离婚，法院会根据具体情况进行判决。一般情况下，若女方有证据证明夫妻感情确已破裂，法院会判决准予离婚；若无法证明感情破裂，法院可能判决不准离婚。同时，在财产分割、子女抚养等问题上也会作出相应处理。

在法律规定方面，根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十二条规定，女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。这一规定体现了对处于特殊时期女方的保护。

当女方怀孕申请离婚时，法院首先会审查夫妻感情是否确已破裂。判断感情破裂通常会从婚姻基础、婚后感情、离婚原因、夫妻关系的现状和有无和好的可能等方面综合分析。如果女方能够提供充分证据证明存在以下情形，如重婚或者与他人同居、实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员、有赌博、吸毒等恶习屡教不改、因感情不和分居满二年等，法院大概率会认定夫妻感情破裂，从而判决准予离婚。

在财产分割问题上，法院会遵循照顾子女、女方和无过错方权益的原则。由于女方处于怀孕状态，在财产分配时可能会适当倾向女方，以保障女方和胎儿日后的生活。同时，对于夫妻共同债务，也会依法进行分割。

关于子女抚养问题，因为孩子尚未出生，一般在离婚判决中不会对抚养权作出具体判决。但法院会考虑到女方怀孕的情况，在判决财产分割、经济帮助等方面给予适当倾斜。待孩子出生后，双方可以就抚养权问题进行协商，协商不成的，可以另行起诉。如果女方有抚养能力且愿意抚养孩子，在孩子两周岁以内，一般会判给女方抚养。

女方怀孕申请离婚时，法院会综合多方面因素进行判决，以保障各方的合法权益，尤其是女方和未出生孩子的权益。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》 第四十条

有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：

（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；

（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；

（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。