借款还清后，借款合同一般可以留存一段时间后自行处理，也可与对方协商销毁或存档。同时可要求出借方出具收条或还款证明。

当借款还清后，对于借款合同的处理有多种方式。留存借款合同是一种较为稳妥的做法。留存一段时间，比如几年，是因为在这期间可能会存在一些潜在的纠纷风险。虽然借款已经还清，但可能由于各种原因，例如后续出现利息计算争议、出借方遗忘还款事实等情况，留存的借款合同可以作为已还款的重要证据，以证明双方之间的债权债务关系已经终结。

与出借方协商销毁借款合同也是常见的处理方式。在确认借款已全部还清且双方对还款情况无异议后，借款人可以与出借方沟通，将借款合同原件销毁。这样做可以避免合同被不当使用，消除不必要的风险。但为了确保销毁过程有迹可循，建议双方在销毁前做好记录，比如拍照、录像等，证明合同已按照双方意愿销毁。

将借款合同进行存档也是不错的选择。对于一些企业或涉及金额较大的借款，存档可以方便财务核算和审计等工作。存档时要注意保存好合同的完整性，包括合同正文、附件、补充协议等相关文件。

无论采用哪种方式处理借款合同，借款人都应该要求出借方出具收条或还款证明。收条或还款证明应明确写明借款已全部还清，包括借款金额、还款日期等关键信息，并由出借方签字确认。这是对还款行为的进一步确认，能有效保障借款人的权益，防止出借方日后反悔或提出不合理的要求。借款还清后对借款合同的妥善处理，有助于维护双方的合法权益，避免潜在的法律风险。

法律依据：

《中华人民共和国社会保险法》 第五十八条

用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。

自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。

国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。