怀孕期间协议离婚的流程主要包括申请、受理、冷静期、审查、登记（发证）。

申请阶段。夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，共同到有管辖权的婚姻登记机关提出申请，并提供相关证件和证明材料，如本人的户口簿、身份证、结婚证，以及双方共同签署的离婚协议书等。离婚协议书应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产及债务处理等事项协商一致的意见。

受理环节。婚姻登记机关对当事人提交的证件和证明材料进行初审，初审无误后，发给《离婚登记申请受理回执单》。不符合离婚登记申请条件的，不予受理。

然后进入冷静期。自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以持本人有效身份证件和《离婚登记申请受理回执单》，向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请，并亲自填写《撤回离婚登记申请书》。经婚姻登记机关核实无误后，发给《撤回离婚登记确认单》，并将离婚登记申请书及相关材料存档。自离婚冷静期届满后三十日内，双方未共同到婚姻登记机关申请发给离婚证的，视为撤回离婚登记申请。

冷静期届满后就是审查阶段。自离婚冷静期届满后三十日内，双方当事人应当持相关规定的证件和材料，共同到婚姻登记机关申请发给离婚证。婚姻登记机关对当事人的离婚申请进行审查，审查内容包括当事人的身份信息、离婚协议书、结婚证等。

登记（发证）。婚姻登记机关对符合离婚条件的，予以登记，发给离婚证。在怀孕期间协议离婚，虽然法律允许，但一定要充分考虑到孕妇和胎儿的权益，确保各项事宜都得到妥善处理。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》 第六十六条

证据包括：

（一）当事人的陈述；

（二）书证；

（三）物证；

（四）视听资料；

（五）电子数据；

（六）证人证言；

（七）鉴定意见；

（八）勘验笔录。

证据必须查证属实，才能作为认定事实的根据。