店铺转让时烟草证不能直接变更，通常需要原持证人办理注销手续，新的经营者重新申请烟草专卖零售许可证。

根据《烟草专卖许可证管理办法》规定，烟草专卖许可证是不得买卖、出租、出借或者以其他形式非法转让的。所以当店铺转让时，原有的烟草证不能直接变更到新经营者名下。

原持证人的操作：原持证人需要前往当地的烟草专卖局办理烟草专卖零售许可证的注销手续。在办理注销时，一般要携带本人有效身份证件、烟草证正副本等相关材料。提交注销申请后，烟草专卖局会对相关情况进行核实，确认符合注销条件后，予以注销。

新经营者的操作：新经营者若要继续在该店铺经营烟草制品零售业务，必须重新申请烟草专卖零售许可证。首先要了解当地烟草专卖局对于新办许可证的具体要求和条件，这些条件通常包括有与经营烟草制品零售业务相适应的资金、有与住所相独立的固定经营场所、符合当地烟草制品零售点合理布局的要求等。

新经营者需要准备一系列申请材料，如申请表、工商营业执照、个体工商户经营者、法定代表人或企业负责人的身份证明等。将准备好的材料提交给当地烟草专卖局，烟草专卖局会在受理申请后，按照规定的程序进行实地核查，主要核查经营场所的情况是否符合要求等。经审核符合条件的，烟草专卖局会在法定期限内作出准予许可的决定，并发放新的烟草专卖零售许可证。

店铺转让时烟草证不能简单变更，必须按照规定的流程进行操作，以确保烟草经营活动的合法性。

法律依据：

《烟草专卖许可证管理办法》 第四十三条

登记事项发生改变，取得烟草专卖许可证的公民、法人或者其他组织不依法进行变更登记的，烟草专卖行政主管部门应当责令其依法进行变更登记；拒绝变更登记的，应当取消其经营资格，收回烟草专卖许可证。