已经履行完的合同只剩复印件，通常仍具有一定证明作用。若需对其进行处理，可根据具体需求采取不同措施，如存档保存、证明相关事实、补充完善证明材料等。

要明确合同复印件本身虽有一定证明力，但相较于合同原件，其证明力较弱。在法律上，原件是直接证据，而复印件属于传来证据。不过，已经履行完毕的合同，其核心的权利义务已经实现，复印件在很多情况下也能起到证明合同曾经存在以及双方履行情况的作用。

如果是出于存档目的，对于履行完毕的合同复印件，可按照公司或个人的档案管理规定进行妥善保存。公司一般会有专门的合同档案管理制度，将合同复印件按照一定的分类标准，如合同类型、签订时间等进行整理归档，以便日后查询和参考。个人也可以将重要合同的复印件存放在专门的文件夹或文件盒中，做好标记。

当需要利用合同复印件证明相关事实时，比如向合作伙伴证明双方曾经的合作内容和履行情况，或者在可能出现的纠纷中作为证据使用，要注意结合其他证据来增强其证明力。例如，提供双方的履行凭证，像发货单、收货单、付款记录、聊天记录等。这些证据与合同复印件相互印证，形成完整的证据链，能更有力地证明合同的存在和履行情况。

若担心合同复印件的证明力不足，还可以尝试与合同相对方沟通，请求其出具一份关于合同履行情况的说明或证明文件。该文件可以明确双方已经按照合同约定履行了各自的义务，合同已履行完毕等内容。这样，合同复印件与对方出具的说明文件相结合，能进一步保障自身权益，避免可能出现的风险。

如果合同复印件涉及到一些后续可能需要的事项，如办理相关手续、申请补贴等，应及时与相关部门沟通，了解他们对于合同证明材料的具体要求。有些部门可能认可合同复印件，有些则可能要求提供原件或经过公证的复印件等。根据不同要求，采取相应的措施来满足办理事项的需要。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》 第七十三条

书证应当提交原件。物证应当提交原物。提交原件或者原物确有困难的，可以提交复制品、照片、副本、节录本。

提交外文书证，必须附有中文译本。

《中华人民共和国民法典》 第五百零二条

依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。

依照法律、行政法规的规定，合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。

依照法律、行政法规的规定，合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。