分居满两年离婚，抚养费一般从夫妻分居后不直接抚养孩子一方未实际支付费用时开始算起，但具体起始时间需结合实际情况和法院判决来确定。

在法律实践中，抚养费的起算时间并非有绝对统一的标准，而是要根据不同情形来判断。

从理论上来说，如果夫妻分居后，一方就开始独自承担孩子的全部抚养费用，另一方没有尽到抚养义务，那么从分居时起，未直接抚养孩子的一方就应当支付抚养费。因为抚养子女是父母的法定义务，即使夫妻处于分居状态，这一义务也不能免除。在分居期间，孩子的生活、教育、医疗等各方面都需要费用支出，若一方独自承担了这些费用，另一方实际上是在逃避自己的法定责任。

在实际操作中，抚养费的起算时间可能会受到多种因素的影响。例如，在离婚诉讼中，若双方对于分居期间抚养费的支付没有争议，且能达成一致意见，那么可以按照双方协商的时间来确定抚养费的起始点。如果双方无法协商一致，法院会综合考虑各种因素进行判决。法院可能会审查分居的事实是否清晰、有相关证据证明，以及未直接抚养孩子一方是否存在合理的不支付抚养费的理由等。

如果有证据表明虽然夫妻分居，但未直接抚养孩子的一方在分居期间也为孩子提供了一定的经济支持或者参与了孩子的抚养，那么抚养费的起算时间可能会相应调整。在分居满两年离婚时，抚养费的起算时间要依据具体的案件事实、证据情况以及法院的最终判决来确定，以确保孩子的合法权益得到保障，同时也兼顾父母双方的实际情况。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十五条

离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。

前款规定的协议或者判决，不妨碍子女在必要时向父母任何一方提出超过协议或者判决原定数额的合理要求。