挪用公款追回部分应根据案件具体情况，按照法律规定和司法程序进行处理，一般会先妥善保管，最终结合挪用公款的性质、用途、追赃情况等，在定罪量刑、返还被害单位或上缴国库等方面作出合理安排。

对于追回的挪用公款部分，司法机关会进行妥善保管。在案件侦查阶段，这些款项通常会被依法扣押、冻结，并由专门的部门进行管理，以确保资金的安全和完整，防止出现资金流失或被不当使用的情况。

从定罪量刑角度来看，挪用公款后主动退还部分款项是一个重要的量刑情节。根据《中华人民共和国刑法》规定，挪用公款罪的量刑会综合考虑挪用的金额、用途、时间以及是否归还等因素。如果行为人在案发前主动退还了部分挪用的公款，这表明其有一定的悔罪表现，法院在量刑时会酌情从轻处罚。例如，原本可能被判处较重刑罚的，因积极退还部分款项，可能会适当降低量刑档次。

对于被挪用公款的单位来说，追回的款项应优先返还给被害单位。挪用公款行为往往会给单位的正常运营和财务状况造成严重影响，及时返还资金有助于恢复单位的正常生产经营，减少经济损失。比如一些企业因公款被挪用，资金链紧张，无法正常采购原材料或支付员工工资，追回部分款项后就能缓解这些困境。

如果挪用的公款属于特定的公共资金，如救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物等，即使只追回部分，也必须严格按照专款专用的原则处理，确保资金重新投入到相应的公共事务中，保障公共利益不受侵害。

若经过调查，确认追回的部分款项属于违法所得孳息，这部分资金将依法上缴国库。挪用公款追回部分的处理要严格遵循法律规定和司法程序，以实现法律效果和社会效果的统一。

法律依据：

《中华人民共和国刑法》 第三百八十四条

国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过三个月未还的，是挪用公款罪，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。挪用用于救灾、抢险、防汛、优抚、扶贫、移民、救济款物归个人使用的，从重处罚。