子女抚养权变更协议可以去住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构办理公证，只要该公证机构是依法设立，不以营利为目的，依法独立行使公证职能、承担民事责任的证明机构，其作出的公证都是有效的。

根据《中华人民共和国公证法》规定，公证机构是依法设立，不以营利为目的，依法独立行使公证职能、承担民事责任的证明机构。申请办理涉及不动产的公证，应当向不动产所在地的公证机构提出；申请办理涉及不动产的委托、声明、赠与、遗嘱的公证，可以适用前款规定。而子女抚养权变更协议并不涉及不动产，所以可以选择在住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构进行公证。

在选择公证机构时，要确保其具备合法资质。可以通过查看该公证机构是否在司法行政部门进行了合法登记，是否有相应的执业证书等方式来确认。一般来说，当地的市级或县级公证机构都是符合要求的。

前往公证机构办理抚养权变更协议公证时，需要准备一系列的材料。通常包括双方当事人的身份证件、户口簿，变更抚养权的协议书，子女的出生证明等能证明子女身份关系的材料。

公证的流程一般为：首先提出申请，填写公证申请表；然后公证机构会对提交的材料进行审查，可能会询问双方当事人一些相关问题，以确保协议是双方真实意思的表示，且不违反法律法规和社会公共利益；如果审查通过，公证机构会出具公证书。经过公证的子女抚养权变更协议具有更强的证明力，在后续可能出现的纠纷中，能更好地保障双方的权益。

法律依据：

《中华人民共和国公证法》 第三十条

公证机构经审查，认为申请提供的证明材料真实、合法、充分，申请公证的事项真实、合法的，应当自受理公证申请之日起十五个工作日内向当事人出具公证书。但是，因不可抗力、补充证明材料或者需要核实有关情况的，所需时间不计算在期限内。