办理特种行业养殖经营许可证，需向当地林业部门或相关野生动物保护主管部门提出申请，准备好规定的材料，经审核、实地查验等环节，符合条件的予以发证。

要明确哪些动物属于特种养殖范畴。一般来说，包括国家重点保护野生动物和“三有”保护动物（即国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物）等。不同种类的特种动物，办理证件的要求和流程可能会有所差异。

在申请之前，需要做好充分的准备工作。通常需要准备的材料有：申请书，详细说明养殖的种类、规模、场地等情况；申请人的身份证明文件；养殖场所的相关证明，如土地使用证明或租赁合同等，以证明有合适的养殖场地；养殖技术人员的资质证明，如果有专业的养殖技术人员参与，其相关证书是重要的申请材料；野生动物种源合法来源证明，这能证明所养殖的动物来源是合法合规的。

准备好材料后，向当地的林业部门或者野生动物保护主管部门提交申请。提交申请后，相关部门会对申请材料进行审核。审核内容主要包括材料的真实性、完整性以及养殖计划的可行性等。如果材料存在问题，可能会要求申请人补充或修改。

除了材料审核，相关部门还会安排工作人员对养殖场地进行实地查验。实地查验的目的是核实养殖场地的实际情况是否与申请材料一致，是否具备养殖特种动物的条件，如场地的环境、设施设备等是否符合动物的生存和生长要求。

经过材料审核和实地查验，如果各项条件都符合要求，相关部门会予以批准，并颁发特种行业养殖经营许可证。如果不符合要求，会书面通知申请人并说明理由。获得许可证后，养殖者需要严格按照许可证规定的范围、种类和方式进行养殖经营活动，同时要遵守相关的法律法规和动物保护规定。

法律依据：

《中华人民共和国市场主体登记管理条例》 第十六条

申请办理市场主体登记，应当提交下列材料：

（一）申请书；

（二）申请人资格文件、自然人身份证明；

（三）住所或者主要经营场所相关文件；

（四）公司、非公司企业法人、农民专业合作社（联合社）章程或者合伙企业合伙协议；

（五）法律、行政法规和国务院市场监督管理部门规定提交的其他材料。

国务院市场监督管理部门应当根据市场主体类型分别制定登记材料清单和文书格式样本，通过政府网站、登记机关服务窗口等向社会公开。

登记机关能够通过政务信息共享平台获取的市场主体登记相关信息，不得要求申请人重复提供。