互联网药品经营许可证办理流程主要包括申请前准备、提交申请、审核受理、现场检查、审批决定、领取证书等环节。

申请前准备。企业需具备相应的条件，比如依法设立的药品连锁零售企业；具有与上网交易的品种相适应的药品配送系统；具有执业药师负责网上实时咨询，并有保存完整咨询内容的设施、设备及相关管理制度；从事医疗器械交易服务，应当配备拥有医疗器械相关专业学历、熟悉医疗器械相关法规的专职专业人员。企业要准备好一系列申请材料，如《互联网药品信息服务申请表》、企业营业执照副本复印件、网站域名注册的相关证书或者证明文件、网站栏目设置说明、网站对历史发布信息进行备份和查阅的相关管理制度及执行情况说明等。

提交申请。企业将准备好的申请材料提交至所在地的省级药品监督管理部门。申请方式可以通过线上政务平台或者到指定的办事窗口递交。

审核受理。药品监督管理部门收到申请材料后，会对材料进行形式审查。若申请材料存在可以当场更正的错误，允许申请人当场更正；申请材料不齐全或者不符合形式审查要求的，在5个工作日内发给申请人《补正材料通知书》，一次性告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。申请材料齐全、符合形式审查要求，或者申请人按照要求提交全部补正材料的，予以受理。

之后可能会进行现场检查。对于部分申请，药品监督管理部门会组织人员对企业进行现场检查，核实企业的实际情况是否与申请材料相符，是否具备开展互联网药品经营的条件。

再之后是审批决定。经过审核和现场检查（如有），药品监督管理部门会在规定的时间内作出审批决定。符合条件的，予以批准；不符合条件的，作出不予批准的书面决定，并说明理由，同时告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。

领取证书。经批准的企业，在规定时间内到药品监督管理部门领取《互联网药品信息服务资格证书》，证书分为正本和副本，有效期为5年。

法律依据：

《药品经营和使用质量监督管理办法》 第三条

从事药品批发或者零售活动的，应当经药品监督管理部门批准，依法取得药品经营许可证，严格遵守法律、法规、规章、标准和规范。

药品上市许可持有人可以自行销售其取得药品注册证书的药品，也可以委托药品经营企业销售。但是，药品上市许可持有人从事药品零售活动的，应当取得药品经营许可证。

其他单位从事药品储存、运输等相关活动的，应当遵守本办法相关规定。